সাপেরকোনা হাফিজিয়া মাদ্রাসা প্রাথমিকভাবে পবিত্র কুরআন মুখস্থ করার উপর জোর দেয়। মাদ্রাসায় অন্যান্য বিষয় পড়ানো হয় যাতে আমাদের সন্তানরা ধার্মিক মুসলমান হিসেবে বেড়ে ওঠে।
আহলুস সুন্নাহ ওয়াল জামাত থেকে ছাত্রদের আকিদা শেখানো হয়।
ছাত্রদের শেখানো হয় কিভাবে তাদের ধর্মীয় দায়িত্ব পালন করতে হয়। তাদের শেখানো হয় কীভাবে ওজু, সালাত, রোজা এবং গোসল করতে হয়। তাদের ইসলামের পাঁচটি স্তম্ভ এবং কীভাবে সেগুলি পালন করতে হয় সে সম্পর্কে শেখানো হয়। তাদের আদব শেখানো হয় যাতে তারা সমাজের সকলকে সম্মান করতে পারে।
শিক্ষার্থীদের শেখানো হয় কিভাবে তাজবীদের সাথে সাবলীলভাবে কুরআন পড়তে হয়। ছাত্ররা একবার নাজারার ভাল স্তরে পৌঁছে গেলে তাদের কুরআন মুখস্থ করতে শেখানো হয়, এই ক্লাসটি তাহফিজ নামে পরিচিত।
তাদের শেখানো হয় কিভাবে বাংলায় পড়তে এবং লিখতে হয়। তাদের বাংলা ব্যাকরণ ও বাংলা ইতিহাসও শেখানো হয়।
তাদের শেখানো হয় সংখ্যা পদ্ধতি, গণনা, যোগ, বিয়োগ, গুণ এবং ভাগ। তাদের শেখানো হয় কীভাবে গণিত আমাদের দৈনন্দিন জীবনে প্রয়োগ করা হয় এবং ব্যবহারিক কার্যক্রমে অংশ নেয়।